Después de la lesión de ligamentos cruzados de su rodilla izquierda, en abril de 2017, el jugador no pudo volver a su mejor nivel y todo el contexto llevó a que perdiera todo el protagonismo en el ’xeneize’. Y aunque se mencionó que había opción de volver del Barcelona de Ecuador, Miguel Russo descartó posibilidad de Sebastián Pérez para Boca Juniors y además fue muy sincero en este caso.
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El volante colombiano regresó a la actividad meses después de aquella lesión, pero no recuperó la forma física y futbolística, muchos señalaron que fue el cambio de hábitos alimenticios y su decisión de volverse vegano. Esta fue una de las polémicas, pero lo único que se puede probar es que no volvió a rendir igual y por eso lo cedieron al fútbol ecuatoriano.
Video: Miguel Russo descartó posibilidad de Sebastián Pérez para Boca Juniors
Ya habiendo terminado el vínculo con Barcelona y con contrato en Boca, se manifestó en algún momento que podría regresar al club argentino y que Russo lo pudiera tener en cuenta. La versión se fue diluyendo al pasar los días, pero finalmente en una rueda de prensa del viernes 31 de enero el mismo DT acabo con todo lo que se hablaba:
