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Luego de la eliminación de Millonarios y Junior de Barranquilla de la Copa Libertadores 2017, la Dimayor ha confirmado como quedarán definidos los grupos y los equipos sembrados en octavos de final de la Copa Aguila 2017.

La Dimayor había informado que todo dependía de la clasificación a los grupos de la Libertadores de los dos clubes anteriormente mencionados.

Teniendo en cuenta que ninguno de los dos avanzó a esta instancia, para sembrar a uno de estos equipos en la fase dos de la Copa Águila se tomó en cuenta la reclasificación de la Liga Águila 2016. Por tal razón, el equipo de Bogotá disputará el campeonato desde la fase 2 y el equipo de Barranquilla lo hará desde la fase 1 o sea la fase de grupos.

Los otros equipos que también estarán sembrados son Nacional, Medellín y Santa Fe que estarán disputando la fase de grupos de Libertadores.

Así quedaron conformados los grupos:

Grupo A:
Junior
Jaguares F.C.
Barranquilla F.C.
Real Cartagena

Grupo B:
Leones F.C.
Envigado F.C.
Once Caldas
Rionegro Águilas

Grupo C:

Real Santander
Alianza Petrolera
U. Magdalena
Atlético Bucaramanga

Grupo D:
Valledupar F.C.
Cortuluá
Dep. Pasto
U. Popayán

Grupo E:
América de Cali
Atlético F.C.
Dep. Cali
Orsomarso S.C.

Grupo F:
Patriotas F.C.
Boyacá Chicó
Llaneros F.C.
Fortaleza F.C.

Grupo G:
Cúcuta Deportivo
Tigres F.C.
Equidad Seguros
Bogotá F.C.

Grupo H:
Dep. Pereira
Dep. Tolima
Dep. Quindío
Atlético Huila

Este será el sistema de campeonato de la Copa Aguila: